Von einigen Abgeordneten des badischen Parlaments, dem Ständehaus, wurde die Illenau als "Narrenpalast" verspottet. Dies weist auf die imposante Architektur der Gebäude hin. Von Hans Voß, einem Schüler Friedrich Weinbrenners, im klassizistischen Stil gebaut und 1842 eingeweiht, wurde die Illenau über die Jahre mehrfach an neue Bedürfnisse angepasst und baulich erweitert. Im Museum sind zeitgenössische Ansichten und Schnitte zu sehen.

Die Geschichte der Illenau wurde maßgeblich von ihrem Gründer Dr. Christian Roller geprägt, der hier seine Eindrücke aus Forschungsreisen durch Westeuropa verwirklichte, die er auch in seinem Buch „Die Irrenanstalt in all ihren Beziehungen“ niederschrieb. Aber auch die weiteren Direktoren Karl Hergt, Heinrich Schüle, Ernst Thoma und Hans Römer entwickelten die Illenau im Geiste der Zeit weiter oder mussten sie durch schwere Zeiten führen, wie beispielsweise den Ersten Weltkrieg oder die Inflation 1923.

Die 1842 eröffnete und nach den Vorstellungen von Dr. Christian Roller konzipierte Heil-und Pflegeanstalt Illenau stellte für Deutschland den eigentlichen Beginn einer Anstaltspsychiatrie dar. Die neuen Konzepte beruhten  auf den Regeln einer sogenannten "psychischen Medicin". Darunter verstand man die Anwendung von medizinischen, psychologischen und pädagogischen Maßnahmen. Die Illenau war auch die erste "verbundene Heil-und Pflegeanstalt", in der nicht nur die heilbaren, sondern auch die "unheilbaren" kranken Menschen Hilfe erfahren sollten. Im 19. Jahrhundert war die Illenau in Europa und darüber hinaus so richtungsweisend, dass neu entstehende  Psychiatrien nach ihrem Modell mitgestaltet wurden.

Eine Abteilung des Museums widmet sich dem künstlerischen Schaffen einiger Patientinnen und Patienten, wie z.B. Franz Karl Bühler oder Karl Maximilan Würtenberger, deren Begabung aber nicht immer erkannt und gefördert wurde, obwohl deren Werke zum Teil später in die Sammlung Prinzhorn an der Universität Heidelberg aufgenommen wurden. Insgesamt gehörte jedoch Zeichnen und Malen ebenso wie kunsthandwerkliche Tätigkeit  neben Theater spielen, Musik und Leibesertüchtigung zum therapeutischen Konzept der Illenau.

Die Illenau war zeitweise Lebens- und/oder Arbeitsmittelpunkt für viele Patientinnen und Patienten, Ärzte und Ärztinnen – zum Teil mit deren Familien –, für das Pflegepersonal  und weitere Beschäftigte. Im Museum bekommt man Einblicke in verschiedene Tagesabläufe und lernt beispielhaft einige Menschen kennen, die einen Teil ihres Lebens in der Illenau verbrachten, wie zum Beispiel den Schriftsteller Heinrich Hansjakob oder den Arzt Bernhard von Gudden.

Auf den Friedhof der Illenau, der 5 Minuten zu Fuß vom Museum entfernt im Illenauer Wald liegt, weist ein eigener Bereich hin, der zum Besuch dieses besonderen Ortes animieren soll. Es wird sowohl ein Eindruck über die botanische Vielfalt vermittelt, wie auch über die Geschichten, die die Grabsteine über das Schicksal der Menschen erzählen, die dort begraben sind. Ein besonders eindrucksvoller Grabstein von Eugenie Gätschenberger ist im Museum zu sehen.

Im Gedenkraum des Museums erfahren die Besucher:innen, wie die Nationalsozialisten das Konzept der Illenau („Dienende Liebe“) umkehrten und Patientinnen und Patienten im Rahmen des „Gesetzes zur Verhütung erbkranken Nachwuchses“ im Krankenhaus Achern zwangssterilisieren ließen. Hier wird auch der kranken Menschen gedacht, die im Rahmen der sogenannten T4-Aktion in das Vernichtungslager Grafeneck deportiert und dort ermordet wurden.

Von der Abholung der letzten Psychiatriepatientinnen und Patienten mit den grauen Bussen im Oktober 1940 bis zum Sommer 1942 verwandelte sich die Illenau von einem Deportationsplatz "lebensunwerter" Menschen zu einem Aufnahmeheim für "rassisch wertvolle", polnische Mädchen, die auf Geheiß Heinrich Himmlers ihren Familien entrissen oder aus Waisenhäusern entführt wurden, um in der Illenau zu "volksdeutschen” Mädchen erzogen zu werden. Fast zeitgleich waren in der "Reichsschule für Volksdeutsche” auch Südtiroler Mädchen, der Familien in die Kriegswirren zwischen dem Deutschen Reich und Italien gekommen waren und die für das Deutsche Reich “optiert” hatten.

Als diese beiden Schulen geschlossen wurden, zogen in der Illenau auch sogenannte Napolas (Nationalpolitische Erziehungsanstalten, NPEA) für Jungen und Mädchen ein.

Abschließend zeigt das Museum wie die Illenau zum Sitz der französischen Streitkräfte in Achern wurde und wie zwischen anfänglichen Besatzern und Besetzten im Laufe der Jahre immer mehr Verbindungen bis hin zu Freundschaften entstanden.